ここいらあたりでしょうか⇒

HDDを追加接続しちゃったので、boot.iniの記述と整合性がとれてないとか。250GBはBIG　DRIVE対応でないOSでフォーマットしちゃったので137GBまでしかフォーマットされてないとか、そんな感じ?テキトーに言ってるけど。2.5HDDがFドラになってないとか。

システムパーティションの上限が原因という気が。。。

リンク先は、NT4の場合
先頭「最大 7.8 GB」以外に 
ntoskrnl.exe が置かれたときドッカン。
 
と同様に、Windows 2000も先頭 137GB 以外の場所に
ntoskrnl.exe が置かれたときドッカン。
となるっちゅう仕掛けですかねぇ。
 
あこがれの 250GBシングルパーティションが
自爆の原因だったのかも知れませぬ。