IEでは、呼び出し側のHTMLと外部JSファイルの文字コードが一致していなければなりません。コメント部分でもひっかかるようです。今まで偶然動いていましたが、今回は文字の区切りが正しく認識されず、プログラムの部分も正しく解釈されなかったようです。その証拠に強制的にシフトJISで表示するとスクリプトは何事もなく通りました。